Výskum osídlenia na najzápadnejšom mieste Slovenskej republiky v okolí Kopčan preukázal najstaršie osídlenia už v neolitickom období (okolo r. 2100 p.n.l.), žiarový hrob stredodunajskej mohylovej kultúry (okolo r.1000 p.n.l.), halštatské sídlisko (800-400 p.n.l.). Blízka rieka Morava bola už od čias pravekých lovcov mamutov otvorená pre všetky migračné prúdy smerujúce z juhu na sever i zo severu na juh. Bola tu skutočná „brána národov“. Archeológia dokazuje prítomnosť jednoduchého roľníckeho ľudu kmeňov Markomanov, Kvádov a Vandalov. Ešte pred expanziou Slovanov prešli územím južnej Moravy a juhozápadného Slovenska časti kmeňov Gótov a Longobardov. Kopčany sa v období veľkomoravskej ríše podieľali na rušnom živote veľkomoravského centra na Valoch, ktorého jadrom bolo vzdialené do 1,5 km od roľnícko–pastierskych osád nachádzajúcich sa v dnešnom chotári obce. Ako píše Š.Janšák v štúdii Brány do dávnoveku: „Hlavné rameno rieky Moravy tieklo od veľkomoravského opevneného mesta tri aj štvrť kilometra na západ, pod piesčitou terasou, na ktorej sú rozložené dnešné obce Lužice, Mikulčice a Moravská Nová Ves. Z toho vyplýva, že mesto na Valoch ležalo na jej ľavom brehu... opevnené mesto na Valoch gravitovalo zemepisne i hospodársky k dnešnému územiu Slovenska... podrobným výskumom sa ukázalo, že na čiare Valy – dnešná obec Mikulčice niet ani jednej osady z obdobia veľkomoravského, čiže v tých časoch bol tam tri a pol kilometra široký močiar“. Pohľad na známu Komenského mapu z r. 1632 potvrdzuje jednak existenciu močiara i skutočnosť, že Valy ležali medzi ramenami rieky Moravy. . Z čias Veľkej Moravy pri obci Kopčany dodnes stojí najstaršia stojaca cirkevná stavba v strednej Európe. Je to zachovaná architektonická pamiatka z 9. storočia Kostol svätej Margity Antiochijskej. Svätá Margita patrí medzi 14 svätcov, pomocníkov. Zjavovala aj Johanke z Arcu. Kostol sv. Margity Antiochijskej vznikol ako súčasť veľkomoravského hradiska Valy v Mikulčiciach. Jeho postavenie sa datuje najneskôr do obdobia vlády veľkomoravského kniežaťa Rastislava I., alebo Svätopluka I. V okolí kostola existovali malé osady až do 13. storočia, kedy zaniklo pôvodné veľkomoravské hradisko. Kostol však slúžil naďalej až do roku 1994 konali len príležitostné bohoslužby pri púti, ktorá súvisela s patrónkou kostola, svätou Margitou Antiochijskou. Z čias Veľkej Moravy je známych a zachovaných 24 objektov, ktoré majú iba odkryté základy. Kostol sv. Margity je jediný doposiaľ stojaci a zachovaný objekt z obdobia Veľkej Moravy. Je najstaršou zachovanou stavbou severne od Dunaja, čím má veľký význam aj v rámci celej strednej Európy. Napríklad v Českej republike takýto objekt neexistuje. Na Slovensku stojí prinajmenšom ešte jedna porovnateľná stavba a tou je kostolík v obci Kostoľany pod Tribečom.