Keď sa Metod vrátil na Veľkú Moravu asi v roku 874, obnovil učilište a zaviedol staroslovenský jazyk do bohoslužieb. Bavorskí kňazi na to reagovali veľmi negatívne, pretože to videli ako porušenie latinskej tradície. Ďalším sporom bolo používanie dodatku Filioque v Nicejsko - carihradskom vyznaní viery, ktoré Metod nepoužíval, pretože sa nepoužívalo v Ríme a ani v Byzancii, ale používalo sa vo Franskej ríši. Za najväčšieho podnecovateľa týchto sporov sa považuje franský kňaz Viching, ktorý vycestoval do Ríma a ohovoril tam Metoda. 14. júna 879 pápež Ján VIII. zaslal arcibiskupovi Metodovi list Praedicationis tuae – Hlásanie náuky, v ktorom ho vyzval, aby sa dostavil do Ríma a vysvetlil obvinenia. O tomto kroku pápež informoval Svätopluka listom Scire vos volumus – Chceme aby ste vedeli a povzbudil ho aby vytrval v pravej viere. Vypočúvanie v Ríme dopadlo pre Metoda pozitívne. Ján VIII. vydal bulu Industriae tuae – Tvojej usilovnosti, ktorá je dodnes zachovaná a nachádza sa vo Vatikánskom tajnom archíve. Pápež ju adresuje Svätoplukovi slovami: „Dilecto filio Sfentopulcho, glorioso komiti.“ - „Milovanému synovi Svätoplukovi, slávnemu vladárovi“. Ďalej pápež nazýva Svätopluka jediným synom. Pápež bulou potvrdil pravovernosť Metoda a ustanovil ho za „archiepiscopo sanctae ecclesiae Moravensis.“ – arcibiskupa svätej cirkvi moravskej. Súčasne so vznikom provincie pápež Ján VIII. na Svätoplukovu žiadosť vymenoval franského kňaza Vichinga za biskupa „sanctae ecclesiae nitriensis“ – svätej cirkvi nitrianskej. A nariadil mu, aby vo všetkom poslúchal svojho arcibiskupa Metoda. Pápež bulou povoli používanie staroslovenského jazyka v liturgii. Po návrate Metoda z Ríma na Veľkú Moravu spory neutíchli. Rozpory medzi biskupom Vichingom a arcibiskupom Metodom sa vyostrili natoľko, že Metod Vichinga exkomunikoval. Začiatkom roka 885 Viching odišiel do Ríma, kde mohli z neho sňať exkomunikáciu. Medzitým sa zdravotný stav arcibiskupa Metoda zhoršil. Skôr než zomrel, určil za seba nástupcu - Gorazda. Arcibiskup Metod zomrel 6.apríla 885 ako 72 ročný. Na jeho pohrebe sa zišiel nesčíselný národ, odprevádzal ho so sviecami a oplakával dobrého učiteľa a pastiera. Uložili ho v moravskom chráme na ľavej strane, v stene za oltárom Bohorodičky. Viching sa vrátil na Veľkú Moravu po Metodovej smrti s bulou pápeža Štefana V. Bula má názov Quia te zelo fidei - Keďže si sa s horlivosťou viery a je určená Zuentopolco, regi sclauorum – Svätoplukovi kráľovi Slovenov. Pápež v nej odsudzuje Metoda a zakazuje používanie staroslovenského jazyka v liturgii. Metodovi učeníci boli vyhnaní z Veľkej Moravy a našli útočište v Bulharsku.