Debutoval ako režisér v roku 1967 hraným filmom Kristove roky. Filmy Zbehovia a pútnici (1968), Vtáčkovia, siroty a blázni (1969) a tragikomédia Dovidenia v pekle, priatelia (1970 dokončená 1990) boli v 70. rokoch normalizačnou cenzúrou zakázané a režisér sa mohol venovať len dokumentárnej tvorbe. Vrcholom jeho tvorby je historická sága Tisicročná včela (1983), ktorá získala množstvo ocenení, podobne ako filmová rozprávka Perinbaba (1985) Vo filmoch Sedím na konári a je mi dobre (1989) a Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý (1992) sa témou ľúbostného trojuholníka vrátil k svojej tvorbe 60. rokov. Od roku 1993 žije v Prahe, kde nakrútil filmy Nejasná správa o konci sveta (1997), Post coitum (2004) a Bathory (2008).